法人関係税制

１）研究開発税制

試験研究を行った場合の特別税額控除制度について、試験研究費の増加額に対する特別税額控除割合を上乗せする制度を改組し、平成20年４月１日から平成22年３月31日までの間に開始する各事業年度において、次のいずれかの制度を選択適用できる制度が創設されました。この制度における控除税額は、試験研究費の総額に係る特別税額控除制度又は中小企業技術基盤強化税制とは別に、当期の法人税額の100分の10相当額を限度とすることとされました。

〈１〉試験研究費の額が比較試験研究費の額を超え、かつ、基準試験研究費の額を超える場合には、試験研究費の額が比較試験研究費の額を超える部分の金額の100分の５相当額の特別税額控除ができます。

〈２〉試験研究費の額が平均売上金額の100分の10相当額を超える場合には、その超える部分の金額に超過税額控除割合を乗じた金額の特別税額控除ができます。

２）情報基盤強化税制

情報基盤強化設備等を取得した場合の特別償却又は特別税額控除制度について、大規模法人の対象設備等の取得価額の合計額のうち200億円を超える部分の金額を対象から除外した上、その適用期限を２年延長することとされました。

３）減価償却制度

機械及び装置を中心に、実態に即した使用年数を基に資産区分を整理するとともに、法定耐用年数の見直しが図られました（「減価償却資産の耐用年数等に関する省令」で改正）。

中小企業関係税制

１）特定新規中小会社が発行した株式を取得した場合の課税の特例の創設

居住者又は国内に恒久的施設を有する非居住者（以下「居住者等」）が、平成20年４月１日以後に、中小企業の新たな事業活動の促進に関する法律に規定する特定新規中小企業者に該当する株式会社により発行される株式を払込みにより取得した場合において、当該居住者等が当該払込みにより取得をした株式の取得に要した金額（1,000万円を限度）については、寄附金控除の規定を適用することができることとされました。

また、特定中小会社が発行した株式に係る譲渡所得等の課税の特例は廃止することとされました。

２）教育訓練費の額が増加した場合の特別税額控除の特例

教育訓練費の額が増加した場合の特別税額控除制度について、対象を中小企業者等に限定するとともに、労務費用に占める教育訓練費割合が100分の0.15以上の場合に、教育訓練費の額の総額の一定割合を税額控除できる制度に改組されました。

３）交際費等の損金不算入の特例の延長

交際費等の損金不算入制度について、中小企業者に係る400万円の定額控除の適用期限を２年延長することとされました。

金融・証券税制

１）上場株式等の譲渡所得等に対する課税

ア）上場株式等を譲渡した場合の株式等に係る譲渡所得等の課税の特例の廃止

上場株式等の譲渡所得等に係る税率については、平成20年12月31日をもって７％（住民税とあわせて10％）軽減税率を廃止することとされました。

イ）特例措置

平成21年1月1日から平成22年12月31日までの間に上場株式等の譲渡をした場合には、その年分の上場株式等に係る譲渡所得等の金額のうち500万円以下の部分の税率については、７％（住民税とあわせて10％）とすることとされました。

ウ）源泉徴収選択口座における源泉徴収税率の特例

平成21年1月1日から平成22年12月31日までの間の源泉徴収選択口座における源泉徴収税率は、７％（住民税とあわせて10％）とすることとされました。

２）上場株式等の配当所得に対する課税

ア）上場株式等の配当等に係る源泉徴収税率等の特例の廃止

居住者等が支払を受けるべき上場株式等の配当等に係る源泉徴収税率等については、平成20年12月31日をもって７％（住民税とあわせて10％）軽減税率を廃止することとされました。

イ）源泉徴収税率の特例措置

平成21年1月1日から平成22年12月31日までの間に居住者等が支払を受けるべき上場株式等の配当等に対する源泉徴収税率を７％（住民税とあわせて10％）とすることとされました。

ウ）上場株式等に係る配当所得の申告分離選択課税の創設

居住者等が、平成21年1月1日以後に支払を受けるべき上場株式等の配当等を有する場合において、当該上場株式等の配当等に係る配当所得については、当該居住者等は15％（住民税とあわせて20％）の税率による申告分離課税を選択できることとされました。

エ）上場株式等の配当等に係る申告分離選択課税の税率の特例措置

平成21年1月1日から平成22年12月31日までの間に上場株式等の配当等の支払を受ける場合には、その年分において申告分離課税を選択した上場株式等の配当所得の金額のうち100万円以下の部分の税率については、７％（住民税とあわせて10％）とすることとされました。

３）上場株式等に係る譲渡損失の損益通算の特例の創設

ア）上場株式等の譲渡損失と上場株式等の配当所得との間の損益通算の特例の創設

その年分の上場株式等の譲渡所得等の金額の計算上生じた損失の金額があるとき又はその年の前年以前３年内の各年に生じた上場株式等の譲渡損失の金額（前年以前に既に控除したものを除く。）があるときは、これらの損失の金額を上場株式等の配当所得の金額（申告分離課税を選択したものに限る。）から控除することとされました。

イ）源泉徴収選択口座内配当等に係る所得計算及び源泉徴収等の特例の創設

源泉徴収選択口座に受け入れた上場株式等の配当等に対する源泉徴収税額を計算する場合において、当該源泉徴収選択口座内における上場株式等の譲渡所得等の金額の計算上生じた損失の金額があるときは、当該源泉徴収選択口座内配当等の額から当該上場株式等の譲渡損失の金額を控除した金額に対して源泉徴収税率を乗じて徴収すべき所得税の額を計算する特例を創設することとされました。

住宅・土地税制

１）登録免許税の税率の軽減措置

土地の売買による所有権の移転登記等に対する登録免許税の税率の軽減措置について、次のとおり軽減税率の見直しを行った上、その適用期限を３年延長することとされました。

ア）土地の売買による所有権の移転登記（改正前1,000分の10）

期　　間	税　　　率
平成20年４月１日から平成21年３月31日まで	1,000分の10
平成21年４月１日から平成22年３月31日まで	1,000分の13
平成22年４月１日から平成23年３月31日まで	1,000分の15

イ）土地の所有権の信託の登記（改正前1,000分の２）

期　　間	税　　　率
平成20年４月１日から平成21年３月31日まで	1,000分の２
平成21年４月１日から平成22年３月31日まで	1,000分の2.5
平成22年４月１日から平成23年３月31日まで	1,000分の３

２）住宅の省エネ改修促進税制の創設

居住者が、その者の居住の用に供する家屋について、エネルギー使用の合理化に資する一定の改修工事を含む一定の増改築等を行った場合において、当該家屋を平成20年4月1日から12月31日までの間にその者の居住の用に供したときは、一定の要件の下で、その増改築等に充てるために借り入れた住宅借入金等の年末残高の1,000万円以下の部分の一定割合を所得税の額から控除することとされました。

公益法人制度改革への対応・寄附税制

公益法人等に対して財産を寄附した場合の譲渡所得等の非課税の特例について、次の措置を講ずることとされました。

〈１〉非課税特例の対象となる法人（以下「対象法人」）に公益社団法人、公益財団法人及び一定の一般社団法人又は一般財団法人を加えられました。

〈２〉寄附を受けた財産が公益目的事業の用に供されなくなったこと等一定の事由により非課税承認が取り消された場合には、対象法人に対して、寄附時の譲渡所得等に係る所得税を課税することとされました。

また、認定特定非営利活動法人に対する寄附金の損金算入等の特例について、認定の有効期間を５年（改正前２年）に延長することとされました。

事業承継税制

事業承継税制の抜本見直しについては、「中小企業における経営の承継の円滑化に関する法律」（平成20年法律33号）の制定を踏まえ、平成21年度税制改正において、事業の後継者を対象とした「取引相場のない株式等に係る相続税の納税猶予制度」を創設することとされ、本制度は中小企業における経営の承継の円滑化に関する法律の施行の日（一部を除き、平成20年10月1日）以後の相続等に遡って適用されることとなります。

また、新しい事業承継制度の制度化にあわせて、相続税の課税方式を現行の法定相続分課税方式から、いわゆる遺産取得課税方式に改めることを検討することとなりました。

その他

その他所要の規定の整備が行われました。

以　上